突然有一天小五郎消失了，放置的追踪器也没了信号，柯南觉得事态严重，找到诈死的FBI赤井秀一商量对策，没想到，赤井的回答令柯南意外，更令柯南震惊的是下面的话。太狗血，有没有，而此时小五郎已经身在黑衣组织的大本营了，就在此时柯南的追踪器再次有了信号，而坐标显示的位置，竟然是这里，铃木塔！！！……
原来，在上次的决战中黑衣组织终于注意到这个一直被忽视的小学生，江户川柯南，于是，开始调查柯南身边的人，首当其冲的就是破案无数的小五郎叔叔，在一个月黑风高的夜晚，他们绑架了毛利小五郎，作为FBI首脑的小五郎将计就计，决定借此机会探明黑衣组织的老巢。
名侦探柯南大结局
本来按照“琴酒”的行事方式对可疑目标都是杀入灭口的，但小五郎手中的“王牌”却让他投鼠忌器，无奈琴酒也慌了手脚，只得把小五郎带回老巢交给大BOSS处理，而真正的大BOSS竟然就是他——铃木次郎吉，铃木圆子的堂叔，铃木财团的真正幕后老板。
整个黑衣组织的幕后操控者就是铃木财团，铃木财团的成长史就是一部黑暗史，他们利用黑衣组织党同伐异，最终的目标是控制整个国家，铃木财团总裁铃木史郎只是个傀儡，真正的控制者是超级野心家铃木次郎吉。
这是个以“复兴”国家为使命的战争狂人，现在我们可以想明白，为什么“朗姆酒”临死前恐惧的看着小兰，其实，她看的是小兰背后的铃木圆子，因为圆子的堂叔就是大BOSS啊！
大决战开始了，FBI、警视厅联合出击，一场惨烈的战斗之后，黑衣组织彻底覆灭了，柯南的生活恢复了平静，等等
好像漏了点什么，没错，就是这个，那就是有解药吗？柯南的身体能复原吗？柯南复原了小哀怎么办？柯南不复原小兰怎么办？
故事的结局给了我们完美的答案，阿笠博士和灰原联手发明了一种新的解药，柯南服用之后，可以还原为工藤新一，但柯南不会消失，同时继续存在。
柯南的人生有了两个分支，彪悍的人生不需要解释，最后，你会看到这样的景象，新一和小兰结婚了。而柯南继续和他的小伙伴们在一起。
四年以后，长大了的柯南和灰原，出现在2020年东京奥运会上，完美的结局……
